Genomická platforma a technické vybavení

Tým

Genomická platforma GD Scan sestává z týmu 7 pracovníků - vedoucí projektu, genetik, bioinformatik, chemický inženýr, biostatistik, vědecký pracovník a laboratorní technik a v nedposlední řadě studenti. Ti všichni dohromady zajišťují bezproblémový chod veškerých aktivit týkajících se genomických analýz a spolupracují s veřejným i soukromým sektorem.


Institute Pasteur v Lille

Institut Pasteur byl založen jako soukromé nekomerční pracoviště zaměřené la biomedicíncký výzkum. Dnes již obrovský biomedicínský výzkumný areál čítá více jak 1000 lidí, kteří denně věnují svou práci, odborné znalosti i zkušenosti ke zlepšení zdraví člověka a jeho životního prostředí.


Technické a materiální vybavení laboratoří

  • technologie pro genotypování - Golden Gate 96, 384, 768 a 1536 SNPs
  • technologie pro genotypování - Golden Gate Bovine Net Merit Panel, bovinní čip 3K
  • technologie pro genotypování Infinium od 3072 do 1 milionu SNP markerů
  • technologie pro genotypování Infinium od 10 tisíc do 5 milionů SNP markerů dle jednotlivých druhů zvířat
    • skot: 6K, 54K, 800K SNP
    • prasata: 62K SNP
  • technologie pro sekvenování Ion Torrent od Life Technologies (více než 100 milionů nukleotidových bází DNA a, ještě před koncem roku 2011, až 1 bilion bází)

Dále jsou využívány pipetovací stroje (pro izolaci DNA), vybavení genobank (skladování vzorků a biologických dat prostřednictvím softwarového programu LIMS), platforma qPCR pro klasické genotypování méně než 10ti markerů, pro vývoj diagnostických kitů týkajících se zdraví zvířat a pro realizaci transkripčních analýz.


Velkým úspěchem naší platformy byla i expertíza provedená na základě tzv. "Next generation sequencing" v oblasti biomedicínského výzkumu E.coli O157, která způsobila intoxikaci více než 12ti osob na severu Francie v červenci 2011. Tato analýza genomu E.coli byla díky vynikající spolupráci CHRU v Lille, Pasteurova Institutu v Lile a Genes Diffusion provedena za méně než 3 dny.